종계군 또는 종돈군에 문제가 발생되면 상시 부검을 실시하지만, 특별한 문제가 없더라도 정기 부검을 통하여 계군 또는 돈군에 표면적으로 인지하지 못하고 있는 문제점이나, 일반 폐사의 원인 분석 및 항생제 감수성 검사 등을 진행한다.

정기 부검에서 발생되는 종계의 일반 폐사는 포도상구균이나 대장균 및 기타 세균의 만성 감염에 의한 폐사, 원인이 정확히 파악되지 않는 쇠약 증상에 의한 폐사 등이 쉽게 관찰되는 소견들이다. 부검시에는 부검계의 이동에 따른 농장간 교차 오염을 방지하기 위하여 각 농장에 비닐을 지급하고 지급된 비닐에 부검계를 단단히 포장한 후 외부를 소독하여 준비해 놓으면 운반자는 소독된 비닐의 외부만 접촉하여 부검실로 운반한다. 결과적으로 오염된 부검계에는 농장관계자와 부검을 실시하는 수의사만이 노출되게 되어 농장을 출입하는 사람에 의한 농장간 질병 전파 요인을 최소화 시킬 수 있다.

돈군 정기 부검을 통해서는 일반적으로 양돈에서 문제가 되는 호흡기 질병(AR, 흉막폐렴, Mycoplasma 및 기타 바이러스, 세균성 폐렴), 소화기성 질병(살모넬라증, 회장염, 대장균증 등) 및 관절, 기타 내장기에 대한 육안진단을 실시하고, 실험실 진단을 위한 샘플채취를 실시한다.