부화장의 위생관리는 월 1회 실시하는 위생검사와 매 발생시마다 실시하는 살모넬라 검사,그리고 할란 검사가 있다.

월 1회 실시하는 위생검사에서는 공기중의 일반세균과 곰팡이, 기구 및 표면의 일반세균과 대장균 그리고 바닥, 배수구, 환기구에서 실시하는 살모넬라 검사가 있으며, 사무실, 발육기, 발생기, 세척실, 창고 등 부화장의 모든 공간을 각각 따로 검사하여 50~80여 곳의 샘플링 포인트가 있다. 실험실적 검사 이외에도 매 발생 시마다 육안 검사를 통한 세척 상태를 모니터링하여 기록하고 있다.

발생작업 후에 실시하는 발생 샘플 검사는 면모, 약추, 난각의 세 가지 샘플을 채취하며 살모넬라 검사를 실시한다. 발생 샘플 검사의 장점은 농장의 오염과 부화장 오염을 모두 스크린 할 수 있다는 것이다.

일단 발생 샘플에서 살모넬라가 분리되면 농장이나 부화장이나 어느 곳이 오염되어 있던 초생추의 살모넬라 감염 유무를 확인할 수 있어 가장 효과적이면서도 초생추 생산과정의 마지막 단계에 시행할 수 있는 검사법이다.

매 발생 시마다 실험실적 검사 기법과 함께 현장에서 직접 확인할 수 있는 육안 검사 프로그램도 운영하고 육안 확인을 통한 현장에서의 청결도 향상을 도모하고 있다.

최근의 연구에 의하면 국내 부화장의 살모넬라 오염도가 매우 높은 것으로 나타나 있다. 부화장의 살모넬라 모니터링 및 대책 마련으로 안전한 식품 생산을 위한 살모넬라 음성 초생추 관리를 실현하고 있다. 할란검사를 통해서 부화 중 온/습도, 전란, 환기 등의 문제, 종란의 취급 및 농장에서의 문제, 질병, 영양, 세균 및 곰팡이의 오염 등 다양한 원인을 추적할 수 있으며 이를 통해 부화와 관련된 문제를 적극적으로 해결하고 있다.