2001년에는 영국 Aviagen Ltd사의 Newbridge lab의 각종 모니터링 기법 및 병성 감정 등 수의, 위생 프로그램을 벤치마킹하여 삼화가축위생연구소에 도입하였고, 2009년에는 기업부설 연구소로 지정되었다.

식품 안전의 기본이 되는 농장 및 부화장에서의 살모넬라 음성을 실현하기 위해 종계장 및 부화장의 살모넬라 모니터링을 실시하고 있으며, 각종 위생검사, 부검 및 혈청검사와 Realtime PCR을 통한 바이러스 및 세균 등의 원인체 검출기법까지 자체 소화해 내고 있다.

특히 살모넬라 부재 계육 생산을 위한 시스템 개발 등 국가 연구과제에 참여하여 종계농장, 부화장, 육계농장, 사료공장, 운송차량, 도계장, 가공장 및 마트 판매 생닭에 이르기까지 계육 생산을 위한 전 과정에서 살모넬라를 근절하기 위한 연구를 시행하고 있어 ㈜삼화원종 내부뿐만 아니라 국가적 식품 안전에도 이바지하고 있다.